ECOFAUNE intervient au nord Est de la République Centrafricaine, une vaste zone couvrant les préfectures de Bamingui-Bangoran et de la Vakaga, totalisant une superficie de 250.000 km².
De cette superficie, 86.000 km² sont des zones classées pour la conservation, la chasse et l’exploitation des ressources naturelles.
Parmi les zones classées, figurent le parc national de Bamingui-Bangoran et le parc national de Manovo Gounda Saint Floris, site du patrimoine mondial depuis 1988 et sur la liste des sites en péril depuis 1997.
Le projet assure actuellement la protection d’un noyau dur de 8.850 km².